La Asamblea es el órgano supremo de dirección de Escuelas Católicas.
Desde la unión funcional de FERE-CECA y EyG y la creación de la marca de Escuelas Católicas, las Asambleas de dichas instituciones se celebran de forma conjunta, pero respetando los mandatos estatutarios de cada una de ellas.
La Asamblea de FERE-CECA está formada por los Superiores Mayores femeninos y masculinos de los Institutos pertenecientes a la Federación o sus Delegados permanentes de enseñanza, el Presidente de la Conferencia Española de Religiosos, el Secretario General, los Secretarios Autonómicos y los Delegados Provinciales.
La Asamblea de EyG está integrada por todos los miembros de la Junta Confederal, los Presidentes de todas las Asociaciones provinciales afiliadas, los representantes de las entidades confederadas, un representante de cada una de las instituciones titulares de empresas integradas en la Confederación y los Secretarios Autonómicos.